CeFU har en meget engageret bestyrelse, der er med til at sætte kursen for forskningscenteret og forskningen i ungdom. Den varetager samtidigt den løbende drift af Foreningen Center for Ungdomsforskning og mødes fire gange om året. Bestyrelsen vælges hvert år i marts ved foreningens generalforsamling.
Bestyrelsen består af repræsentanter fra følgende medlemsorganisationer:
- Danmarks Idrætsforbund (DIF)
- Danmarks Lærerforening
- Danske Erhvervskoler
- Danske Gymnasier
- Dansk Metal
- Dansk Ungdoms Fællesråd (DUF)
- DGI
- Frie Kostskolers Fællesråd
- Gymnasieskolernes Lærerforening (GL)
- HK Danmark
- NEXT Uddannelse København
- Landsforeningen 10. Klasseskoler i Danmark
- Lederforeningen for VUC
- Pædagogprogrammet i UCC
- Rigspolitiet
- Science Talenter
- TAMU
- Uddannelsesforbundet
- Undervisningsministeriet
- Ungdomsskoleforeningen
- UU Danmark
