CeFU har en meget engageret bestyrelse, der er med til at sætte kursen for forskningscenteret og forskningen i ungdom. Den varetager samtidigt den løbende drift af Foreningen Center for Ungdomsforskning og mødes fire gange om året. Bestyrelsen vælges hvert år i marts ved foreningens generalforsamling.
Bestyrelsen består af repræsentanter fra følgende medlemsorganisationer:
- Akademiet for Talentfulde Unge Øst
- Danmarks Idrætsforbund (DIF)
- Danmarks Lærerforening
- Danske Erhvervskoler
- Danske Gymnasier
- Danske HF & VUC
- Dansk Metal
- Dansk Ungdoms Fællesråd (DUF)
- DGI
- Efterskoleforeningen
- Folkehøjskolernes Forening i Danmark (FFD)
- Gymnasieskolernes Lærerforening (GL)
- HK Danmark
- NEXT Uddannelse København
- Landsforeningen 10. Klasseskoler i Danmark
- Landorganisationen i Danmark (LO)
- Københavns Professionshøjskole
- Rigspolitiet
- Science Talenter
- TAMU
- Uddannelsesforbundet
- Ungdomsskoleforeningen
- UU Danmark
